Roku 1560 zakoupil zadlužené pernštejnské panství císař Ferdinand I. Pro svého syna Maxmiliána a tak se poddanské zboží stalo majetkem královské komory. Centrem správy panství nadále zůstal pardubický zámek, jehož správce a úředníci byli jmenováni královskou komorou. Podle prvního komorního urbáře z roku 1563 patřily k pardubickému panství obce rozdělené na 24 rychetních obvodů. Kostěnice byly přičleněny k rychtě dašické. K ní mimo Kostěnic patřily ještě obce Dašice, Hedčany, Komárov, Prachovice, Hostovice a Uhřetická Lhota. Po rychtáři Jakoubovi Nešporovi se stal dalším kostěnickým rychtářem Martin Došel. Po roce 1570 usedl na rychtu Jan Hroch a úřad si podržel až do konce 16. století.
Třicetiletá válka (1618-1648) hluboce ovlivnila život celé země. Její následky dolehly na Kostěnice stejně krutě jako na ostatní vesnice, městečka i města svým hospodářským rozvratem, častými požáry, zvůlí velitelů nejen nepřátelských, ale i císařských vojsk. Na obyvatelstvo také neblaze dopadly důsledky pobělohorské pohromy, které vyly doprovázeny především náboženským útiskem, postupující rekatolizací a klíčící germanizací. Katastrofální následky přinesl Kostěnicím zejména pochod Švédů od Vysokého Mýta k Pardubicím v říjnu roku 1645, který způsobil plošnou zkázu po celé své trase. Na konci třicetileté války v roce 1648 zůstaly v Kostěnicích tři statky zcela pusté a život na ostatních gruntech se probouzel velmi pomalu. Obnovu vesnice brzdil i nevolnický systém spolu s nesmírným daňovým zatížením. Za třicetileté války řídili obec rychtáři Martin Zeman a Matěj Karel . Koncem 17 století je znám rychtář Jan Valenta.
Kolem roku 1700 stálo v Kostěnicích 16 selských statků, 3 chalupy a kovárna. Největší statek měl Jan Nohejl, později patřil Františku Hrochovi. Míval asi 250 korců (asi 70 ha) půdy. Druhý velký statek byla rychta č. 2 a náležel rodině Šafářově, později Františkovi Ročkovi. Stála při rušné a živé cestě a bývala zde hospoda, u níž se platilo mýto. Zastavovali se tu formani, vojenské regimenty a honáci se svými stády. U domu č. 81 (nyní dům Františka Jírka) stávaly stáje pro dobytek přihnaný z Moravy a Uher. U Sedlákovy chalupy (pravděpodobně dnešní dům čp. 65) bývala branka a konec vsi. Za ní byl obecní pozemek „Husinek“, kde nyní stojí již nové domy.
Sakař ve svých dějinách Kostěnic informuje, kolik hospodářských zvířat se v obci v roce 1719 chovalo. V obci chovali hospodáři celkem 51 koní a 27 hříbat, 10 volů, 19 krav (a 23 půjčených), 34 telat, 26 ovcí, 19 prasat, 51 selat a 2 kozy.
V 17. a 18. století bylo obdělávání půdy velice namáhavé a primitivní. Používal se hák, dřevěné brány se železnými hřebíky a obdělávala se pouhá čtvrtina až polovina půdy, zbytek byl úhor, na kterém se pásl dobytek. Selo se ponejvíce úhorové žito, oves vikev, řidčeji pšenice na koláče. Sel se hrách a čočka pro vlastní potřebu, pěstovalo se konopí a len. Proto byly po staveních i statcích domácí tkalcovské stavy a v Kostěnicích žilo několik starých tkalcovských rodů.
Celkový rozvoj průmyslové i zemědělské výrovy ve 20. a 30. letech 19. století měl za následek oživení obchodu, budování komunikací a rozmach dopravy. Poddanskému lidu na vesnici se po zrušení nevolnictví v roce 1781 vedlo poněkud lépe, což se promítalo i do růstu počtu obyvatelstva. K nárůstu obyvatelstva docházelo nejen přirozenou natalitou, ale také další vlnou přistěhovalectví. Některé nové vesnice byly zakládány pouze novými osadníky přicházejícími převážně ze Slezska a Kladska.
Koncem 18. století za vlády císaře Josefa II. (1780-1790) byly na Pardubicku rozparcelovány panské dvory a začaly se ve velkém vysušovat rybníky. Vzniklo tak mnoho nových vesnic. Rušení panského statku v duchu Raabova systému se dotklo Kostěnic jako celku i jednotlivých gruntů a obohatilo značnou část kostěnických hospodářů. Ti těžili hlavně dělením zrušeného Moravanského rybníka a Tuněchodského dvora. Kusy panských pozemků přecházely tímto zřízením do soukromých rukou jako dědičný pacht (nájem). Tak zbohatlo 12 hospodářů v Kostěnicích. Při parcelaci získaly Kostěnice jako obec i značnou výměru pastvišť.
Po dlouhé zimě se dobytek vyháněl na pastvu poprvé na svatodušní pondělí. S otvíráním pastvin byl v Kostěnicích spojen hezký zvyk, kdy se večer na boží hod velikonoční shromáždili všichni pasáci na jednom konci vesnice a s práskajícími biči prošli celou vsí. Vyháněli tak zlé duchy, aby neškodili dobytku. Páslo se potom celé léto v Hájích a Březinských lukách.
Stavebně se rozvíjely nejenom nové osady, ale také v Kostěnicích si v roce 1770 postavili tři sousedé nové domky a na obecním pozemku (přes silnici naproti dnešní hasičské zbrojnici) postavila obec v roce 1770 obecní pastoušku. Ta pak sloužila téměř dvě století obecně chudým. Obec hradila nutné opravy a podle potřeby i různé přístavby. Velkou přestavbu pastouška zažila v roce 1891, kdy se v místě bývalého mlatu přistavěla světnice a komora, na část střechy se položily místo došek tašky a výrazně se opravil chlév. Ještě v roce 1942 zde bydlely dvě rodiny, Vomáčkovi, Veselých a paní Anna Bečková. Pastouška byla zbořena v 60. letech 20. století.
Kostěnice náležely od středověku k farnímu kostelu a farní škole do Dašic, kam děti chodily. Později navštěvovaly školu v Hostovicích a od roku 1842 se děti učily v obci, v soukromém stavení č. 49 v domku Václava Pitharta. Prvním kostěnickým učitelem byl Josef Machek, který učil děti i hře na hudební nástroje. Později se škola přestěhovala do obecního domu č. 64, kde byla až do roku 1853, než se postavila nová budova. Plány na novou školu byly připravené již v roce 1840, ale obci se do stavby nechtělo. V roce 1849 přenechala pardubická vrchnost Kostěnicím pro novou školu pole o výměře 200 sáhů, ale ani potom Kostěničtí s výstavbou nepospíchali. Začali až v roce 1852 s rozpočtem 2307 zlatých. Protože dostali od vrchnosti vápno, cihly, kámen, tašky, veškeré dřevo a dlaždice zdarma, vyšla stavba nakonec na pouhých 1000 zlatých. Stavbu prováděla obec sama a řídil ji starosta Jan Teplý. Nová jednotřídní škola byla v neděli 25. září 1853 vysvěcena a začalo se v ní vyučovat. Učitel Josef Machek se však již nové školy nedočkal, zemřel v roce 1849, svobodný, ve věku 39 let. Výpomocný učitel Václav Šafář z Mikulovic na zdejší škole působil od roku 1849 plných 27 let. Po něm nastoupil učitel Josef Kučera ze Živanic, učil na zdejší škole 33 let až do roku 1908, kdy odešel do penze. Po Josefu Kučerovi se na škole objevují jména František Tichý a Jan Kubíček.
V roce 1849 byl vydán prozatímní obecní řád a tento nový systém státní správy se ustálil po roce 1864, kdy vyšel nový zákon o obecní samosprávě. Na jeho základě se v každé obci ustavil obecní výbor, kterému se již v té době začalo říkat obecní zastupitelstvo. Ze svého středu si volil obecní představenstvo, které se skládalo ze starosty a alespoň ze dvou radních. V čele již tedy nestál rychtář, ale starosta. Činnost obecního úřadu nepřekračoval rámec obce. Obecní zastupitelstvo vyřizovalo záležitosti chudinské, domovské, pronajímalo obecní pozemky a hospodařilo s obecními financemi. Stále však neplatila zásada všeobecného volebního práva. Mohly volit pouze osoby, které vyhověly majetkovému censu. Všeobecné, rovné a tajné volební právo přinesl obcím až nový volební řád z roku 1919.Starostové působící v obci podle let
1850-1866 František Teplý
1866-1867 František Špaček
1867-1874 Jan Malíř
1874-1876 František Boček
1876-1880 Jan Malíř
1880-1883 Josef Kučera
1883-1887 Jan Mandys
1888-1891 Jan Malíř
1891-1895 Josef Kučera
1895-1898 Jan Svatoň
1898-1901 František Roček
1902-1904 František Palata
1904-1944 František Polák
1944-1945 František Roček
Časový přehled jednotlivých starostů může být pro větší počet dochovaných pramenů pochopitelně souvislejší, než tomu bylo v případě rychtářů. O práci každého z nich máme alespoň částečně dochovanou zmínku v zápisech z obecního zastupitelstva a v obecní kronice.
Pro potřebu obce byly ustanoveny různé obecní funkce, které již známe pouze z vyprávění či literatury. Nejznámějšími byli obecní soudní posel, slouha, ponocný, obecní strážník či polní hlídač. Funkce se vyvíjely a kumulovaly podle potřeby obce. Například v Kostěnicích působil určitou dobu obecní posel, který se staral o doručení soudních dopisů. Kolem roku 1884 jím byl Josef Michálek, kterého obecního zastupitelstvo označilo jako „spolehlivého a rozumného souseda“. Další významnou postavou býval ponocný. Staral se o noční klid a pořádek v obci a později rozsvěcoval pouliční lampy. Chodil po vsi a troubením oznamoval každou noční hodinu.
O řemeslech a živnostech v obci se lze dočíst z dostupných písemných pramenů jen málo. Díky pěstování lnu a konopí bylo ve vsi rozšířeno tkalcovství. Tkalcovské stavy byly v mnoha kostěnických staveních. O tom, že v Kostěnicích stála kovárna se objevilo v písemných pramenech již roku 1700. Později se o ní dovídáme až roku 1837, kdy ji začal provozovat František Černý. Do té doby chodili sedláci ke kováři do Dašic. Co se týče dalších živností, v 70. letech 19. století v obci působili mistr krejčovský Jan Pištora, v Moravanském byl obuvník Jan Borč a nožíř Josef Šahr. V 80. letech pracovali v Kostěnicích obuvníci hned dva. Roku 1910 vymizelo z Kostěnic řemeslo tkalcovské.
V roce 1896 se jednalo o stavě obecní váhy, která byla důležitá pro všechny hospodáře. Stála pak léta u dnešního obecního úřadu, kde bývalo skladiště Hospodářského strojního družstva a sloužila potřebám obce a každému, kdo chtěl zvážit dobytek, fůru obilí či sena.
Dynamický hospodářský růst na přelomu 19. a 20. století byl provázen společenským životem, který byl reprezentován činností různých spolků. Nejstarším spolkem v obci je Hasičský spolek. Byl založen v roce 1884, když v březnu téhož roku byly schváleny stanovy. Do té doby vykonával službu stráže proti ohni obecní slouha a ponocný. Znamení k poplachu se dávalo zvonkem a ponocný troubením. Obec vlastnila základní hasičské vybavení, které bylo nutné pro případný požár. Obsahovalo 1 přenosnou stříkačku, 14 ručních, 1 voznici, 8 košíků, 4 háky a 2 žebříky. Spolek ale prosperoval dost nevalně. V roce 1885 muselo pokárat obecní zastupitelstvo hasiče, že nepořádají žádná cvičení. Velitel hasičů, Josef Štěpánek, sice sliboval, že příležitostně nějaké cvičení svolá, ale v roce 1889 nastala ve sboru taková krize, že velitel pan Mandys odevzdal zbroj a pan Kučera odmítl vedení převzít. I ostatní členové však vrátili zbroj, ponechali si jen plátěný oděv a spolek se rozpadl. V roce 1897 však přišlo nařízení z okresního výboru, že se má v Kostěnicích hasičský sbor znovu obnovit. Oproti jiným obcím, kde byly spolky zakládány především koncem 19. století, byla výraznější spolková činnost v Kostěnicích až záležitostí počátku 20. století.